Η Φολέγανδρος και τα περισσότερα νησιά των Κυκλάδων λόγω της καίριας γεωγραφικής τους θέσης, πέρασαν στην κατοχή πολλών διαφορετικών λαών και κατ' επέκταση πολιτισμών στο πέρασμα των αιώνων. Οι πρώτες κατοικίες του νησιού, σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα, τοποθετούνται στην προϊστορική εποχή. Κάρες, Φοίνικες και Δωριείς ήταν κάποιοι από τους λαούς που πέρασαν από το νησί ενώ τον 5ο αιώνα μετά την υπογραφή της Β' Αθηναϊκής συμμαχίας η Φολέγανδρος πέρασε στην κατοχή της Αθήνας. Δείγματα της παρουσίας τους στο νησί άφησαν και οι Μακεδόνες κατακτώντας την εποχή του Μεγάλου Αλεξάνδρου και των Πτολεμαίων ολόκληρο τον τότε ελλαδικό χώρο. Τα ρωμαϊκά χρόνια η Φολέγανδρος χρησιμοποιήθηκε κυρίως ως τόπος εξορίας. Στα χέρια των βυζαντινών αυτοκρατόρων δεν γνώρισε ιδιαίτερη άνθηση. Το 1204 η Φολέγανδρος εντάχθηκε στο δουκάτο του Αιγαίου και ο ιδρυτής του δουκάτου Μάρκος Σανούδος φρόντισε για την δημιουργία του κάστρου του νησιού ώστε οι κάτοικοι να μπορούν να προστατευθούν από τις πειρατικές επιδρομές όπου έως τον 18ο αιώνα ήταν συχνότατες στην περιοχή του Αιγαίου. Οι Οθωμανοί το 1617 ύστερα από μια σειρά εχθροπραξιών με τους Φράγκους ,που εντωμεταξύ είχαν καταλάβει τα νησιά από τους Ενετούς, κατάφεραν να προσαρτήσουν την Φολέγανδρο και τα γύρω νησιά στα εδάφη της αυτοκρατορία τους. Σ' αυτή την κυριαρχία θα υπάρξει μια διακοπή από το 1770 έως το 1774 κατά την διάρκεια του ρωσοτουρκικού πολέμου όπου όλα τα νησιά πέρασαν στην κατοχή των Ρώσων. Το 1830 η Φολέγανδρος εντάχθηκε, ελεύθερη πια από κατακτητές, στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος. Μετά την απελευθέρωση και έως την αυγή του 20ού αιώνα η Φολέγανδρος βοηθήθηκε οικονομικά από μετανάστες του νησιού στην Κωνσταντινούπολη. Τον 20ό αιώνα η Φολέγανδρος υπήρξε τόπος εξορίας. Το 1919 επί Βενιζέλου εξορίστηκαν στο νησί 5 ηγετικά στελέχη του ΣΕΚΕ ενώ ακολούθησαν και άλλες εξορίες πολιτικών αντιπάλων των εκάστοτε κυβερνώντων, επί Μεταξά, κατά την διάρκεια του ελληνικού εμφυλίου καθώς και επί της δικτατορίας των συνταγματαρχών του 1967.
ΤΟ ΟΝΟΜΑ
Η πραγματική προέλευση του ονόματος του νησιού δεν έχει διευκρινιστεί. Σύμφωνα με το μύθο, βοσκοί από την δυτική Ελλάδα κατοίκησαν το νησί και επειδή ήταν στην πλειοψηφία τους άνδρες έδωσαν στο νησί το όνομα Πολύανδρος. Οι Ενετοί παραλλάσσοντας αυτή την ονομασία αναφέρονταν στο νησί αποκαλώντας το Πολύκανδρο. Σε άλλες πηγές το νησί εμφανίζεται με το όνομα pheleckgundari ,το οποίο είναι φοινικικής προέλευσης και σημαίνει «πετρώδης γη». Μια τρίτη εκδοχή αναφέρει ότι τι νησί πήρε το όνομα του από τον πρώτο οικιστή του ,τον γιό του βασιλιά Μίνωα , τον Φολέγανδρο. Η τελευταία ερμηνεία δικαιολογείται από την προσπάθεια των ντόπιων να δικαιολογήσουν την ονομασία του τόπου τους και να αποκτήσει θεμέλια η ιστορία του παρελθόντος τους.
Η ΖΩΗ ΣΤΟ ΝΗΣΙ
Οι κάτοικοι του νησιού ασχολούνται κυρίως με την γεωργία και την κτηνοτροφία αλλά υπάρχει και ένας μικρός αριθμός αλιέων. Κάθε σπίτι καταναλώνει κρέας, γαλακτοκομικά και λαχανικά δικής του παραγωγής. Όταν υπάρχει πλεόνασμα οι ντόπιοι πωλούν ψάρια και κτηνοτροφικά προϊόντα στις αγορές της Αθήνας. Υπάρχει και μια μερίδα ανδρών που ασχολούνται αποκλειστικά με οικοδομικές εργασίες. Τα τελευταία χρόνια ,όμως, η αύξηση των επισκεπτών στο νησί τους θερινούς μήνες οδήγησε πολλές οικογένειες στην ενασχόληση τους με τουριστικές επιχειρήσεις.